Οι Σχολές και τα Τμήματα του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας κατανέμονται σε πέντε πόλεις της Περιφέρειας Δυτικής Μακεδονίας (Κοζάνη, Φλώρινα, Καστοριά, Γρεβενά, Πτολεμαΐδα). Η κεντρική Πανεπιστημιούπολη βρίσκεται στην περιοχή ΖΕΠ Κοζάνης και στεγάζει την Πρυτανεία του Ιδρύματος, τις διοικητικές υπηρεσίες, 3 από τα 5 τμήματα της Πολυτεχνικής Σχολής και βιβλιοθήκη. Στην Πανεπιστημιούπολη που βρίσκεται στην περιοχή Κοίλα, στεγάζονται η Σχολή Οικονομικών Επιστημών, 2 τμήματα της Πολυτεχνικής Σχολής, βιβλιοθήκη και πανεπιστημιακό γυμναστήριο. Στον ίδιο χώρο βρίσκεται η φοιτητική εστία και ένα από τα δύο φοιτητικά εστιατόρια της πόλης.
Έδρα της Πολυτεχνικής Σχολής είναι η Κοζάνη. Τα Τμήματα των Μηχανολόγων Μηχανικών, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών και Χημικών Μηχανικών λειτουργούν στη νέα Πανεπιστημιούπολη στη ΖΕΠ. Το Τμήμα Μηχανικών Ορυκτών Πόρων και το Τμήμα Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων λειτουργούν στην Πανεπιστημιούπολη στην περιοχή Κοίλα Κοζάνης. Όλα τα Τμήματα διαθέτουν σύγχρονες εργαστηριακές υποδομές στις οποίες διεξάγεται έρευνα αιχμής.
Η Σχολή Οικονομικών Επιστημών αποτελείται από 6 Τμήματα από τα οποία τα 4, Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής, Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών και Τμήμα Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας, λειτουργούν στην πόλη της Κοζάνης. Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων καθώς και το Τμήμα Στατιστικής και Ασφαλιστικής Επιστήμης λειτουργούν στα Γρεβενά, στο 6ο χλμ Παλαιάς Ε.Ο. Γρεβενών Κοζάνης, ενώ το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών στην Καστοριά (περιοχή Φούρκα). Φοιτητικά εστιατόρια λειτουργούν και στις 3 πόλεις στις οποίες υπάρχουν Τμήματα της Σχολής, ενώ οι φοιτητικές εστίες βρίσκονται στις πόλεις των Γρεβενών και της Κοζάνης.
Στην πόλη της Φλώρινας εδρεύουν οι Σχολές Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών, Καλών Τεχνών καθώς και η Σχολή Γεωπονικών Επιστημών. Η Σχολή Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών (3ο χιλιόμετρο Φλώρινας-Νίκης) αποτελείται από 4 Τμήματα εκ των οποίων το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσής, το Παιδαγωγικό Τμήμα Νηπιαγωγών και το Τμήμα Ψυχολογίας λειτουργούν στη Φλώρινα ενώ το Τμήμα Επικοινωνίας και Ψηφιακών Μέσων στην Καστοριά (περιοχή Φούρκα). Εντός του κτηρίου της Σχολής, υπάρχει το φοιτητικό εστιατόριο και η βιβλιοθήκη. Η Σχολή Γεωπονικών Επιστημών εδρεύει στο αγρόκτημα του Πανεπιστημίου στη Φλώρινα. Στο χώρο αυτό βρίσκονται το νεοκλασικό κτήριο της διοίκησης της Σχολής, το κεντρικό κτήριο, η φοιτητική εστία και το φοιτητικό εστιατόριο, η βιβλιοθήκη και οι αθλητικές εγκαταστάσεις.
Οι εγκαταστάσεις του Τμήματος Εικαστικών και Εφαρμοσμένων Τεχνών της Σχολής Καλών Τεχνών βρίσκονται στο 3ο χιλιόμετρο της Εθνικής Οδού Φλώρινας-Νίκης. Η Σχολή διαθέτει επίσης εργαστηριακούς και εκθεσιακούς χώρους στο χωριό Ψαράδες των Πρεσπών. Το νέο κτηριακό συγκρότημα της Σχολής πρόκειται να ανεγερθεί στο χώρο της υφιστάμενης Πανεπιστημιούπολης στη Φλώρινα και βρίσκεται στο στάδιο του διαγωνισμού.
Η Σχολή Θετικών Επιστημών εδρεύει στην Καστοριά (περιοχή Φούρκα) και αποτελείται από 2 Τμήματα, το Τμήμα Μαθηματικών και το Τμήμα Πληροφορικής. Εντός του χώρου του Πανεπιστημίου λειτουργεί και το φοιτητικό εστιατόριο.
Έδρα της Σχολής Επιστημών Υγείας είναι η Πτολεμαΐδα. Οι εγκαταστάσεις βρίσκονται στην περιοχή ΚΕΠΤΣΕ όπου λειτουργούν το Τμήμα Μαιευτικής και το Τμήμα Εργοθεραπείας.
Φοιτητικά εστιατόρια λειτουργούν σε όλες τις πόλεις στις οποίες υπάρχουν Τμήματα του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας. Συγκεκριμένα υπάρχουν 2 στην Κοζάνη (στην Πανεπιστημιούπολη στα Κοίλα και στη νέα πανεπιστημιούπολη στη ΖΕΠ Κοζάνης), 2 στη Φλώρινα (κτήριο Σχολής Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών και στις εγκαταστάσεις της Σχολής Γεωπονικών Επιστημών), και στην πόλη της Καστοριάς, των Γρεβενών και της Πτολεμαΐδας. Φοιτητικές εστίες λειτουργούν στην Πανεπιστημιούπολη στα Κοίλα Κοζάνης, στην πόλη της Κοζάνης και στην πόλη της Φλώρινας σε κτίρια της Σχολής Γεωπονικών Επιστημών και της Ευξείνου Λέσχης
